Marcus Prieser studierte Kirchenmusik mit dem Hauptfächern Orgel und Chorleitung bei Alexander Wagner und Wolfgang Helbich, nach dem Examen folgte ein Dirigierstudium mit Konzertexamen. Dabei zählten unter anderem Salvador Mas Conde und Sylvain Cambreling zu seinen Lehrern. Er wurde zu mehreren internationalen Dirigier-Wettbewerben als jeweils einziger deutscher Teilnehmer eingeladen. Darüber hinaus hat er als Organist Rundfunkaufnahmen gemacht.

Marcus Prieser dirigierte mehr als 30 Orchester in Deutschland, Polen, Österreich, Frankreich und Ungarn. Über vierhundert Orchesterwerke, Opern und Oratorien aus allen Epochen vom Barock bis zu zeitgenössischen Werken hat er bereits dirigiert, darunter auch mehrere Uraufführungen. Nebenbei widmet er sich als Herausgeber vernachlässigten oder selten aufgeführten Kompositionen und hat ein Lehrbuch zum Thema Dirigieren veröffentlicht.